三、刑事案件不能及时审查起诉
审查起诉是检察机关对于侦查终结需要提起公诉的案件依法进行审查，决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉或者不起诉。审查起诉作为刑事诉讼中的一个独立阶段，具有承上启下的作用，可以直接决定案件是否进入下一个诉讼程序。审查起诉的工作效率也是不容忽视的，能够及时地终止刑事诉讼，或者尽快启动接下来的审判程序。目前影响刑事案件及时审查起诉的因素主要有两个：
1、刑事案件侦查质量不高，审查起诉期间退回补充侦查和自行补充侦查的案件较多。
根据刑事诉讼法的规定，刑事案件侦查终结移送审查起诉的条件与检察机关提起公诉的条件是一致的，都要求犯罪事实清楚，证据确实、充分。但实践中有相当多的案件，侦查机关认为已经符合起诉的条件，而检察机关却认为不够。由于后阶段的公诉任务将由检察机关承担，检察机关便会采取措施来完善起诉条件。存在问题较少的案件，检察机关会在审查起诉期间自行补充侦查获取有关证据，这样便延长了审查起诉的时间。存在问题较多的案件，只能依法退回侦查机关补充侦查，使案件又回到了侦查阶段。公安机关实行侦审合一后，许多缺乏侦查知识和办案经验的警察负责着刑事案件的侦查活动，致使案件质量明显下降，许多与案件定罪量刑有关的事实和情节未能查清便移送起诉。近年来，检察机关退查率一直保持在较高的水平上，检察机关几乎变成补充侦查机关，很不利于案件的及时处理。在以审判为核心的刑事诉讼中，侦查机关应当配合检察机关获取庭审中所需要的所有证据。但实践中侦查机关还缺乏这种认识，对检察机关退查的案件普遍存在不负责任的态度。补侦不力，质量不高或者根本不按照退查提纲的要求操作，查到一点不重要的证据便敷衍了事。有的甚至退而不查，等到一个月后原样重新移送起诉，造成第二次退查，耗费了诉讼时间。
2、不起诉权被严格限制使用，在提高诉讼效率中未能发挥出应有的作用。
不起诉具有终止刑事诉讼的效力，能够使部分犯罪嫌疑人尽早地从刑事诉讼中解脱出来，减少法院审判案件的压力，节省司法资源，增加司法效率。修正后的刑诉法在原先法定不起诉的基础上，增加了相对不起诉和存疑不起诉的规定，目的就是为了实现刑事追诉活动的合理性。赋予检察机关一定的自由裁量权，在保障公正的基础上，提高司法效率。但在检察实践中，不起诉权并没有得到很好的使用。
相对不起诉，又称轻罪不起诉，是起诉便宜主义原则在我国刑事诉讼中的贯彻和体现。正确适用相对不起诉，有利于改造罪犯，维护社会稳定，提高诉讼效率。但当前相对不起诉的适用率极低，有部分符合相对不起诉的案件未能作不起诉处理，而是起诉到了法院。这其中有立法规定的较为严格的原因，但更主要的是由于司法人员在思想观念上存在问题。比如说人为地设置相对不起诉的适用率，使符合条件的案件也不能适用不起诉。司法人员常常担心适用不起诉会被指责放纵罪犯，打击不力，所以宁愿多走一步，反正起诉至法院也不会被判无罪。再者，检察机关内部对适用不起诉的制约程序较为复杂，也使得办案人员不愿适用不起诉。
存疑不起诉，又称证据不足的不起诉，对于补充侦查的案件，检察机关仍然认为证据不足，不符合起诉条件的案件，可以作出不起诉决定。存疑不起诉可以把那些在事实认定和证据收集上确实无法达到起诉要求的案件，尽早地从刑事诉讼中剔除，终止诉讼活动，以免浪费司法资源。不少司法人员认为，适用存疑不起诉的案件，必须要经过两次补充侦查。但案件的侦查受到客观条件的限制，经过一次补充侦查后，已经发现证据客观上不存在了，再作第二次补充侦查，只会是无谓地拖延时间，根本没有必要。另外，由于刑诉法规定的是检察机关可以作出不起诉决定，而不是应当，不少人认为对于可以存疑不起诉的案件，也可以起诉到法院。这种理解是不正确的。刑诉法规定只有犯罪事实清楚，证据确实、充分的案件才能提起公诉，对于证据不足，不符合起诉条件的案件一样不能提起公诉。刑诉法规定的可以，是指除了可以存疑不起诉之外，还可以采取自行撤销案件或者要求公安机关撤回案件方式处理。
四、简易程序未能得到充分运用
（一）审判人员普遍不愿适用简易程序。究其原因在于： 1、简易程序较之普通程序简化的只是庭审阶段的一些工作，庭前的许多程序性工作并不太简单。例如：法院同样要向被告人送达起诉书副本，先期公布开庭的时间、地点、被告人姓名等等。而且，在决定是否适用简易程序时，还要经过公诉机关提出并经法院同意或者由法院决定征得公诉机关同意的必经程序。
2、适用简易程序的案件审理期限为20日，且没有可以延长期限的法律规定。而适用普通程序审理案件期限最长为一个半月，具有刑事诉讼法第一百二十六条规定的情形的，还可以再延长一个月。鉴于此，基层审判人员就不太愿意适用简易程序，以保证自己有充足的办案时间。
3、适用普通程序审理的案件由合议庭评议作出判决，这样不容易出错案，即使有错案，责任也由多人分担。而适用简易程序的话是由审判人员独任审判，降低了"保险系数"，因此，一些审判人员为保险起见，不愿采用简易程序。
4、司法实践中适用简易程序的检察机关一般都不派员出庭公诉，法庭举证、示证等大量工作就由审判人员承担，对于审判人员来说，适用简易程序反而加重了其工作量。
（二）简易程序的适用范围检法规定不统一。
刑诉法修正后，最高人民法院和最高人民检察院先后对此颁布了各自的司法解释。两部司法解释对简易程序的适用范围规定不尽统一。例如高法解释认为："被告人对于起诉指控的犯罪事实予以否认的，"不应当适用简易程序；而高检司法解释认为只有"对于案件事实、证据存在较大争议的"及被告人"是否犯罪，犯有何罪存在争议的"才不能适用简易程序。显然，最高人民法院对于简易程序的条件较为严格，因为犯罪事实有主要和次要之分，一些次要犯罪事实并不影响定罪量刑。再如高检的刑诉法规则规定："被告人要求适用普通程序的"就不应当再适用简易程序，而高法司法解释没有将被告人是否同意适用简易程序最为适用简易程序的条件。高检高法的这些规定本身就存在不合理之处，再加上两家的规定又不统一，导致实践中司法人员就同一案件能否适用简易程序审理产生分歧。
（三）简易程序的适用范围过于狭隘。
刑事诉讼法修正时增设的简易程序通过几年来的司法实践带来了相当明显的经济和社会效益。但刑事诉讼法规定的简易程序只适用于三种情形，而一些案情简单，被告人对起诉也没有任何异议的案件，仅仅因为要判处三年以上的有期徒刑而无法适用简易程序审理，必须适用普通程序，检察机关必须派员出席法庭支持公诉，法院也必须组成合议庭进行审理，所有的程序都要走一遍，法庭审理无疑似"做戏"，极大的浪费了司法资源，降低了办案效率。因此，笔者认为，应当适当扩大简易程序的适用范围，改变现行刑诉法只按照刑期确定是否适用简易程序的规定，而应当根据具体案件情况，确定是否适用简易程序。
五、适用普通程序未能因案而异，形成诉累。
司法实践中大量案件都只能适用普通庭审程序审理，但不可否认，普通程序环节众多，诉讼效率低，审理速度慢。在现今刑事案件数量逐年上升，而司法机关人力、物力、财力较为匮乏，二者产生矛盾，影响了案件的及时公正处理。从国外司法实践来看，提高审判效率的方法除了适用简易程序以外，还有一个重要的方法，就是减少诉讼环节，区别不同的具体案件情况，减去一些不必要工作环节，加快案件的审理速度。近年来，相当简化庭审程序的普通程序简易话审理方式应运而生。然而，我国司法实践中也开始对此进行了探索，试行普通程序简化审的方式。由于简化审尚处于尝试阶段，两高没有相应的司法解释加以指导，各地在试行时在适用案件的范围及具体操作方法也不尽统一和规范，也存在一些问题。一是普通程序简化审的适用案件仍然限制太多，如要求被告人完全承认起诉书指控的犯罪事实和罪名，并同意采用简化审判的方式。如果被告人对基本犯罪事实以外的一些细节、法定情节的认定、罪名的适用有疑问，就不能采用简化审的方式。而这种情况的案件也为数不少，有的被告人仅仅对把他认定为主犯表示异议，有的认为自己是窝藏而不是包庇，这些情况审判人员从案件事实和证据中可以直接作出判断，并不需要排斥简化审的方式。还有对未成年人犯罪案件能否适用简化审的问题。一般都认为从保护未成年人权利的角度出发，不应当适用。笔者的意见正好相反，适用简化审更有利于保护未成年人，因为对于未成年人，诉讼期限的延长，诉讼环节的增多，会对其产生更多的负作用。在我国还没有制定未成年人特殊诉讼程序的情况下，符合条件的案件应当大量适用简化审判的方式，以尽快把未成年人从诉讼中解脱出来。二是适用简化审在许多环节仍应遵循普通程序的规定，无法变通、简化和省略。例如公诉机关在开庭前的准备工作并未减少，甚至增多；庭审环节并没有减少；庭审中的工作量仍然很重等等。有的地方为了适用简化审方式，达到法庭上的"简化"，要求在庭前必须做好大量的准备工作，来落实简化审的条件，例如要向被告人告知适用简化审的法律后果，反复核对被告人的真实意思表示；要落实案件"事实清楚，证据充分"这一简化审的条件，必须将案件证据做到比一般案件更具证明力，更"无懈可击"，所有整个案件的办理过程并不简易，有时甚至比一般程序要做的事情更多，从而造成了适用简化审反而比适用普通程序工作量更大，周期更长的不正常现象。
此外法院当庭宣判率低，办案周期长，也是影响审判效率的一个因素。案件经法庭质证、认证后，对案件事实已经查清的，审判人员理应当庭做出宣判，以及早结案。然而一方面由于现行的法院行政管理模式限制了审判人员当庭自主裁判权，案件必须经庭长甚至院长的审核方能最终做出判决，如果向上级审判机关书面请示的，请示的时间不计入审理期限内，拖个一年半载也是常有的事情；另一方面由于司法实践审判人员可在庭后阅看全部公安预审材料，导致个别素质较低审判人员不重视庭审，采用庭后阅卷审理，定期宣判，降低了当庭宣判率，人为地延长了办案周期。
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