脱落细胞学诊断贲门癌的阳性率比食管癌低，这也是贲门的圆锥形解剖特点造成球囊不易接触肿瘤所致，改用较大球囊后诊断率有所提高。
X线钡造影是诊断贲门癌的主要手段。早期表现为细微的粘膜改变，小的溃疡龛影以及不太明显而恒定存在的充盈缺损。在早期病例中必须行纤维胃镜检查合并涂刷细胞学及活检病理，始能确诊。晚期病例X线所见明确，包括软组织影、粘膜破坏、溃疡、龛影、充盈缺损、贲门通道扭曲狭窄、下段食管受侵、以及胃底大小弯胃体皆有浸润胃壁发僵胃体积缩小。
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