根据实施经济责任审计的机关或机构的不同，开展的经济责任审计工作主要划分为两种：一是对各级党委、政府或组织、人事等部门管理的党政领导干部和企业领导人员的经济责任审计，由各级审计机关负责组织实施；二是对部门、单位内部管理的党政领导干部和企业领导人员的经济责任审计，由各部门、单位组织内部审计机构具体组织实施。
（1）审计机关。
实施经济责任审计是审计机关的法定职责。根据两办《暂行规定》及《实施细则》的规定，审计机关根据干部监督管理部门的委托、人民政府的指令，实施经济责任审计，审计机关是经济责任审计的主体。
（2）内部审计机构。
内部审计机构是部门、单位内部设立的负有审计职责的内部监督机构，根据中办发［1999］20号文件和《中央纪委、中央组织部、监察部、人事部、审计署关于进一步做好经济责任审计工作的意见》（审办发［2001］7号）的要求，目前大部分内部审计机构，都开展了对其内部管理的领导干部的经济责任审计工作。根据《审计署关于内部审计工作的规定》的规定，实施经济责任审计是内部审计机构的职责之一。内部审计机构从事经济责任审计工作依据两办《暂行规定》及《实施细则》和企业内部管理的有关规定进行，内部审计机构不但可以独立开展对其内部管理的领导干部的经济责任审计工作，也可以根据国家审计机关的授权或委托，参与到国家审计机关进行的经济责任审计工作中来。在没有成立专门内部审计机构的情况下，专职审计人员也可以进行经济责任审计工作。
（3）社会审计组织。
管理部门、审计机关可以根据经济责任审计的实际情况，全部或者部分委托社会审计组织实施经济责任审计工作或者调用社会审计组织的审计人员参与到经济责任审计中来，如对国有及国有控股企业领导人员的经济责任审计可以委托社会审计机构具体实施。内部审计机构也可以委托社会审计组织实施经济责任审计工作或者调用社会审计组织的审计人员参与到内部审计机构实施的经济责任审计中来。根据两办《暂行规定》，审计机关只能将国有企业及国有控股企业领导人员的经济责任审计项目委托给社会审计组织实施，而党政领导干部经济责任审计项目则不能委托社会审计组织实施。
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