一、收集工程竣工决算资料难，这主要有两种情况。
一个是建设单位的原因，在工程建设过程中没有形成完整的结算资料或没有收集完整的结算资料，这种情况现在已比较少。另一个是中介机构的原因，这种情况比较突出。比如前一阶段我们准备着手审计的会展中心，在我们准备审计之先已经被南京一家中介机构审核过，所有的基础资料均由该事务所归档了。审计时我们要求他们提供如工程量计算书、钢筋分析表等基础资料，他就是不提供。现在的包括审计法、省市县种种文件也都是讲可以对施工、设计、勘探、咨询等机构的财务收支进行延伸审计，但没有明确规定中介机构是否应该提供哪些基础资料包括中介机构的工作底稿。我们现在正在审计的广电大楼也是这样，我们要求中介机构提供审核的工作底稿，但中介机构要求我们提供法律依据，最后在多次协调之后才拿到。
二、固定总价情况下核减工程造价处理难。
有的工程建设单位为了控制工程造价而采取了对工程造价一次包死的办法。有时会发生对一些项目测算不准确而导致多算造价。这种情况下核减处理比较难。按照合同法规定，两个平等主体在自愿、等价、有偿的情况下签订的合同是合法有效的，受合同法的保护。比如最近有座桥审计，合同约定拆除旧桥是23万元，而实际花十多万就解决了。现在施工单位以合同法为依据不同意核减， 如果不能帮助建设单位节约支出，那工程审计的价值将大打折扣。
三、事后审计查看隐蔽工程难。
我们现在的工程审计一般都是工程竣工验收交付后进行的事后审计，到工程现场能看到的只是表面，大量隐蔽工程的如地下工程都已看不到了。即使对签证的真实性有怀疑也有点束手无策，左右为难。有一个工程，屋面做了两道防水、三层找平导、一层保温层，这种做法一般很少见，但是如果做破坏性测试，以后就可能漏水；再一个假如测试后发现签证是对的，那以后的审计工作将比较被动，因为大量的审计工作还是需要建设单位配合的。
四、实行跟踪审计难
前面讲到事后审计查看隐蔽工程难，所以现在有很多审计机关提出实行跟踪审计，将审计监督关口前移。这种方法肯定能帮助建设单位节约资金。但这种方法也带来了一个新的问题，就是怎样进行跟踪审计、跟踪审计应该做哪些事情、跟踪审计审计人员有哪些权利和义务。目前有些地方出台了一些这方面的规定，但是一方面不够完善，可操作性有待加强，另一方面缺少更高层次文件的支持，贯彻起来有难度。
一、请上级有关部门能够出台一个比较明确的规定，要求勘察、设计、施工、咨询等单位应该做到哪些配合工作，应该提供哪些资料。
二、对政府公共工程审计的准确定位， 我们现在主要是由县政府发文要求在订立施工合同时建设单位明确注明最后决算价以审计为准， 这种方法解决了很多问题。但是还有一些单位没有这样做，能不能在更高层次上出台一个文件。
三、解决事后审计和跟踪审计的矛盾，我们最近请政府发文要求对政府公共工程进行跟踪审计，我们准备抽取一些重大项目跟踪审计。能不能出台一个跟踪审计的办法，就好象经济责任审计省里发了经济责任审计操作指南。解决怎样进行跟踪审计、跟踪审计应该做哪些事情、跟踪审计审计人员有哪些权利和义务等问题，避免将裁判员变成运动员，将审计监督和业主的职能发生混淆。同时由上级政府出台一个文件，要求对政府公共工程进行跟踪审计。
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