《暂行办法》明确，经国务院批准，在“十一五”期间对进口种子（苗）种畜（禽）鱼种（苗）和种用野生动植物种源（以下简称“种源”），免征进口环节增值税（以下简称“免税”）。种源进口单位应适时向种源进口免税审批单位（以下简称“审批单位”）提出种源进口免税申请。不同种类种源的进口免税审批单位由种源进口审批主管部门（以下简称“审批主管部门”）即农业部或国家林业局负责指定。
需要注意的是，种源免税必须要符合相关条件。其中，免税进口种子（苗）种畜（禽）鱼种（苗）应同时符合以下条件：
1.在财关税[2006]3号所附《进口种子（苗）、种畜（禽）、鱼种（苗）和种用野生动植物种源免税货品清单》范围内。
2.与农、林业生产密切相关，直接用于或服务于农林业生产的下列种源：
（1）用于种植和培育各种农作物和林木的种子（苗）；
（2）用于饲养以获得各种畜禽产品的种畜（禽）；
（3）用于培育和养殖的水产种（苗）；
（4）用于农、林业科学研究与试验的种子（苗）种畜（禽）水产种（苗）。
3.进口种子（苗）不得用于高尔夫球场、足球场、度假村或俱乐部等场所的建设；进口种畜（禽）鱼种（苗）不得用于度假村或俱乐部等高档消费场所等。
免税进口野生动植物种源应同时符合以下条件：
1.在财关税[2006]3号所附《进口种子（苗）、种畜（禽）、鱼种（苗）和种用野生动植物种源免税货品清单》范围内的野生动植物。
2.进口单位是动植物科研院所、动物园、专业动植物保护单位、养殖场、种植园。进口单位应具备研究和培育繁殖条件。
3.用于科研，或育种，或繁殖。以科研为目的免税进口种源，应说明具体科研项目并适时提供科研项目成果。以育种或繁殖为目的免税进口种源，进口数量应以确保野生动植物存活和种群繁衍的合理需要为限。
《暂行办法》同时指出，种源免税进口年度计划经财政部、国家税务总局核定后，由审批单位在核定的年度免税品种、数量范围内审批，并出具种子（苗）、种畜（禽）、鱼种（苗）免征进口环节增值税的审批证明或种用野生动植物免征进口环节增值税的审批证明（以下简称“免税审批证明”）。经核定的种源免税进口年度计划以及审批单位出具的免税审批证明在公历年度内有效，不得跨年度结转。未经批准或未列入年度计划的进口种源应照章征收进口环节增值税。
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