“国库内存款”科目核算医疗保险基金在国库内的专户存款。按照“对职工医疗保险基金实行预算内管理，专款专用”的规定，用人单位和职工个人缴纳的医疗保险费，以及医疗保险基金筹集、支付过程中取得的收入，必须全额缴入国库，为此，会计上设置了“国库内存款”科目。在该科目的使用上，用人单位和职工个人缴纳的大额医疗保险费，直接记入“国库内存款”科目；小额零星医疗保险费，由医疗保险机构代收，记入“银行存款 ——收入户”科目，再转入“国库内存款”科目。对于收到的上级补助收入、下级上解收入、财政补贴收入、银行存款收入户的利息收入、其他收入先记入“银行存款——收入户”科目，再转入“国库内存款”科目。由于国库内存款不计利息。缴入国库内的医疗保险基金，应由“国库内存款”帐户及时转入“财政专户存款”科目。按规定，医疗保险费的支付必须通过国库内存款帐户拨至财政专户存款专户，财政部门再根据社会医疗保险机构的预算，按时将财政专户存款，转拨到社会医疗保险机构的“银行存款——支出户”，在拨付前，社会医疗保险机构应做好国库内存款帐户的登记工作，并及时与国库和财政部门对帐。
“国库内存款”科目，借方记存款数，贷方记拨出数，借方余额表示国库内存款、“个人帐户医疗基金收入”、“待转收入”等科目。根据预算拨款通知，由财政部门将医疗保险基金从国库拨至财政专户时，根据财政拨款凭证，借记“财政专户存款”科目，贷记“国库内存款”科目。
例：2008年4月3日，根据社会医疗保险机构的拨款申请，按照财政部门的拨款通知，从国库内存款中拨付医疗保险基金150万元，款项已经拨至财政专户，根据有关凭证，作如下会计分录：
借：财政专户存款 1500000
贷：国库内存款 1500000
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