一、对固定资产的计价处理差异
1．融资租入的固定资产。税法规定，以融资方式租入的固定资产，按照租赁协议或合同确定的价款，加上运输费、途中保险费、安装调试费，以及投入使用前发生的利息支出和汇兑损益后的价值计算。这种规定体现了便于操作的特点，可以有效地保证会计数据的可靠性。而财务会计为向国际会计标准靠拢，体现融资租入固定资产作为资产的特性，并遵循谨慎性原则，因而在《制度》中规定：融资租入的固定资产，按租赁开始日租赁资产的原账面价值与最低租赁付款额的现值两者中较低者，作为人账价值。按照重要性原则，如果融资租赁资产占企业资产总额比例等于或低于30％的，在租赁开始时，企业也可按最低租赁付款额，作为固定资产的人账价值。
2．接受捐赠的固定资产。《办法》规定：对捐赠的固定资产不允许计提折旧，除非另有规定。而在《制度》中规定：接受捐赠的固定资产，捐赠方提供了有关凭据的，按凭据上标明的金额加上应支付的相关税费，作为人账价值；捐赠方没有提供有关凭据的，而同类或类似固定资产存在活跃市场的，按同类或类似固定资产的市场价格估计的金额，加上应支付的相关税费，作为人账价值；同类或类似固定资产不存在活跃市场的，按该接受捐赠的固定资产的预计未来现金流量现值，作为人账价值。
3．无偿调入的固定资产。在《制度》中规定的而未在《办法》中规定的无偿调入的固定资产，按照与接受捐赠的固定资产同样的计价原则，在所得税会计核算中其计税成本是零，也不应当计提折旧。因为这是企业未支付任何费用而获得的资产。但是由于其符合《制度》关于资产的定义，因而在财务会计处理中计入企业的资产并计提折旧。
4．《制度》规定，已全额提取减值准备的固定资产，不再计提折旧。但由于《办法》规定固定资产减值准备不得在税前扣除，因此即使按照财务会计制度，某项固定资产已经全额提取减值准备，但在税法上仍然可以计提折旧。至于在《制度》中规定而未在税法中规定的一些计价方法应当与《制度》相同。
二、对固定资产的折旧处理差异
1．折旧范围。除了《办法》规定接受捐赠的固定资产不允许计提折旧外，财务会计和所得税会计中对固定资产准许计提折旧的规定范围完全相同。
2．折旧年限、预计净残值和折旧方法。《制度》规定，企业可以根据自身情况，自行确定固定资产的预计使用年限和预计净残值，并合理选择折旧方法，包括直线法、工作量法、年数总和法、双倍余额递减法等。这是财务会计制度允许企业根据自身生产经营的特点，而对固定资产价值磨损的程度以及无形损耗的具体情况来确定折旧政策。这样可以避免固定资产折旧年限等标准与企业的实际情况不符，从而导致企业固定资产净值不实，或导致企业更新改造资金严重不足，设备老化的情况发生。这种规定合理地考虑了不同固定资产的性质和消耗方式，考虑了不同固定资产提供的经济效益以及修理费用的时间差异性。而《办法》按类规定了固定资产的最低折旧年限，并规定企业只能采取直线法计提折旧。对于促进科技进步、环境保护和国家鼓励投资的关键设备，以及常年处于震动、超强度使用或受酸、碱等强烈腐蚀状态的机器设备，确保缩短折旧年限或采取加速折旧法的，需经申请、审核及批准手续。同时所得税暂行条例规定，固定资产的净残值在5％以内的，由企业自行确定；需要特殊调整的，要求到主管税务机关备案。
三、对固定资产减值准备处理差异
《制度》规定，企业应当按期对固定资产逐项检查，如果由于市价持续下跌，或技术陈旧、损坏、长期闲置等原因导致其可回收金额低于账面价值的，应当将可收回金额低于其账面价值的差额作为固定资产减值准备。提取固定资产减值准备是为了加强企业会计信息的可靠性，真实反映其资产的价值，使其更符合资产的定义。但为保证纳税人之间的税负公平，防止任意避税，《办法》规定，存货跌价准备、短期投资跌价准备金、长期投资减值准备金，以及税法规定可提取的准备金之外任何形式的准备金，不允许在税前扣除。因此，固定资产减值准备是不准在税前扣除的。同时《办法》还规定，如果固定资产发生永久性损坏，经主管税务机关审核，可调整至固定资产可回收金额，并确认损坏。也就是说，对于企业提取的固定资产减值准备，只有由于发生了永久性损坏的原因导致的资产减值，税法才予以确认，且必须经过主管税务机关审核。
四、对固定资产价值的调整处理差异
固定资产的价值确定入账后，一般不得进行调整。但财务会计制度和税法都分别规定了可以调整固定资产价值的几种特殊情况，比较来看二者列举的几种情况基本相同。
五、对固定资产改良支出处理差异
固定资产改良是指企业为了扩大固定资产规模或提高固定资产性能而发生的支出。财务会计制度和税法对固定资产改良的确认，从本质上来说是基本相同的。《制度》对改良的确认主要着眼于对固定资产性能、质量的影响，以及对所生产产品的质量、成本等方面的影响，偏重于定性方面的规定。而《办法》为增强实际税收工作的可操作性，偏重于定量方面的规定，如规定修理支出达到固定资产原值20％以上，经过修理后的固定资产的使用寿命延长两年以上等。
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