3、实施审计。进入AO系统，首先点击“准备管理”→“审计事项管理”→“审计事项编制”，在弹出的“审计事项维护”中，将鼠标指针指向项目名称，按鼠标右键“新建”，在弹出的事项名称中输入要建立的审计事项名称。按审计项目实施方案确定的分工，建立审计事项（最好以会计科目建立审计日记所需的审计事项，问题建立审计工作底稿所需审计事项以便于归类汇总，撰写审计报告）。然后打开电子账簿，如果所审计年限不止一个会计年度，如经济责任审计等或涉及若干代为核算较小规模的下属单位，这时就需在弹出的“电子账簿管理”中选择相应的电子账簿名称，然后确定打开所需要的电子账簿，进入实质审查。点击“科目明细账审查”弹出“科目余额表”，按照各自分工选择审计项目，双击打开所需要的明细账，进而打开记账凭证，从中发现审计疑点。根据审计经验来判断，如果值得怀疑，点击“生成疑点”，写明理由。同时点击“导出资料树”和“导出Excel”，并以问题来命名存入被审计单位名字命名的文件中的“审计疑点”中。接着点击“审计分析”中的“疑点管理”，选定疑点并打开，通过查阅相关电子数据以及纸制财务会计资料，审计调查核实来逐一落实审计疑点。如经过审计核实，排除了问题，则在审计疑点前点击一下，同时选定疑点按右键写明落实情况，同时“导出资料树”和“导出Excel”，存放到“已落实疑点”文件夹内。若通过审计，认定是问题在填表说明中写明事由，导出将此存入“被查出的问题”文件夹内，同时点击“审计底稿”，打开审计证据新建审计证据，依次确定证据类型等（注意应从下拉菜单中选定，无法直接输入）。并确定存入完毕点击下方的“应用”，这时弹出“证据附件”，在下方空白处按右键，点击增加从“被查出的问题”选定，这样就形成了审计证据，并以问题为名存入“审计证据”文件内。然后点击审计底稿新建底稿，弹出审计底稿，点击上方的编制页，输入或选定相关内容，再点击“审计底稿—审计证据”在下面按右键选定增加，找到相关的审计证据引入建立起相互之间的联系（审计日记和审计证据与此相同），并以定性的问题命名存入“审计底稿”文件夹内。需要注意的是结论或摘要的拟写，需要写明审计名称、时间，违规事项和金额等来龙去脉，违反的法律、法规可按右键直接从中选择调用。如没有则需要输入，越具体明了越好，否则后一步工作编制审计报告提纲就很麻烦。同时点击“准备管理”→“资料管理”，从中引入“审计证据汇总记录模板”，编辑审计证据汇总记录，在弹出要保存的文件夹选项中，将鼠标移至审计项目名称按右键新建“审计证据汇总记录”文件夹，点击保存至新建的文件夹内，便于符合现行文书档案要求。值得一提的是审计日记的撰写，从接收资料和电子数据，了解被审计单位基本情况开始，就需要逐日分项记录审计情况，并将此保存至“审计日记”文件夹内。首先要建立审计事项，因为审计日记不仅要按时间，而且要分事项制作，所以必须建立审计事项。其次不仅是审计日记需要审计事项，而且审计底稿同样需要审计事项，所不同的是审计日记中的审计事项应当按审计项目实施方案确定的具体项目，如会计科目。这样便于为下一步的工作提供便利。
　　4、审计抽样与数据分析。说到底，这本身也是一个审计分析的问题。将此单列，一是显示其重要性。二是审计抽样与数据分析可能是AO系统除数据采集与转换之外的另一个核心与关键，有了这两个审计分析方法就变得容易得多了，大有去繁化简，提高审计工作水平与质量之神奇作用。下面我就来一一说道这两个问题。一是审计抽样，过去审计抽样很麻烦，工作量很大，虽为现代审计不可缺少的审计方法之一，但实际工作却很少使用，现在把它融入到系统中就简单得多了。首先点击“审计抽样”，进入抽样管理新建抽样，根据需要选择需要进行审计抽样的项目和抽样向导一步一步完成审计抽样分析，并将抽样分析评价存入“审计抽样数据”文件夹内，作为进一步审计的依据。需要注意的是虽然方法简单多了，但样本数必须大于100，否则无法进行抽样分析。二是数据分析，利用排序表、分组表、图标、自由表以及数值分析与我们常用的统计分析方法基本一致，就不再赘述。这里主要说一下SQL查询器，SQL查询的关键主要在于掌握其语法特点、结构，正确编写查询语句。所以首要的是掌握SQL语法特点和书写方式。SQL书写方式主要有两种，一是“流水账”式，这种方式比较繁琐，而且出错了查找很麻烦，初学者较少使用。二是“结构化”式，具体作法是分行书写，每行代表一个意思，错了容易修改。
　　5、整理审计证据并取证。由于目前尚不具备在计算机网络中完成审计取证，所以必须将在审计过程中形成的审计证据整理成便于人们阅读和核对的书面审计证据。于是在按事前审计调查或据实调整的审计项目实施方案确定的内容及分工完成审计后，接下来就应当对审计过程中形成的审计证据进行整理。首先将鼠标放在系统左方的审计证据、审计日记和审计底稿文件夹上，并打开这些文件，将其全部内容逐一导出到以被审计单位的名字命名的文件夹的相关文件夹内（为以示区别，可以在审计证据、审计日记和审计底稿的文件夹内建立起以审计人员的名字的文件夹）。然后预览并打印所有资料，将审计证据提交给被审计单位，让其核实签字，相关人员对其进行复核，最终形成书面审计文档。
　　三、报告阶段
　　1、归并审计底稿。审计组全体审计人员按照各自分工实施审计，并规定取得审计证据，打印相关审计文档后，就要将这些审计文档全部集中到审计组组长或主审人员手中，以便形成审计报告。于是除主审外其他审计人员需要将审计过程中形成的审计日记、审计证据和审计底稿复制到U盘，提供给审计组组长或主审或者通过局域网获得这些审计文档，然后将这些审计文档导入到相应的文件夹内。点击“审计底稿”→“生成底稿汇总表”，选择所需要的汇总标识进行汇总，并将其保存至“审计项目文档”内。
　　2、编辑审计报告。在“审计底稿”菜单中，点击“审计报告”→“编辑报告提纲”，弹出审计报告提纲窗口。点击“操作”，在弹出的窗体中选定“选择报告提纲模板”，这时窗口就弹出报告提纲模板，左方是报告提纲模板的类型，右方就是该提纲的结构。点击“确定”，这时窗口就一分为四：上面显示区为鼠标指向显示的具体内容；下左为报告所需的审计日记、审计证据和审计底稿3个文件夹及其相关内容；下中为报告的提纲结构，如果提纲模板中没有审计人员需要的提纲模板格式，可以将鼠标移到所需要修改的文件夹上，点击“新建”或“重命名”进行修改；下右为编辑后的报告提纲。按照报告提纲，逐一按照选定的内容将下左的审计底稿、审计证据以及审计日记相关内容引入下中的各个文件夹内，完毕双击下中的各个文件夹，查看引入的内容是否正确？如果不正确，则选定该条按右键在弹出大对话筐中选择“删除”，该内容就又回到下左相应的文件夹内，然后再引入到相应的项目内。完成后点击“操作”——“生成审计报告提纲”，这时下左的全部就到了下右区域内，但还需要对问题金额进行合计，选定问题类别按右键点击“问题金额合并”，分项问题金额就也显示在问题之后。
　　3、生成报告初稿。完成上述工作之后，点击“操作”——“生成审计报告初稿”，AO系统会自动完成。将其保存到“审计项目文档”文件夹内（为显示审计报告修订过程及区别不同的审计报告，可以在此内建立“审计报告”文件夹，并将其保存在该文件夹内）。再点击“审计项目文档”下的“审计报告初稿”，按右键导出至以被审计单位名字命名的相关文件夹（与上述同）。预览打印交由审计组全体成员讨论形成审计报告征求意见稿送审稿，并使用AO系统模板将会议记录保存至“审计项目文档”和以被审计单位名字命名的文件夹内。
　　4、完成审计扫尾工作。根据审计署六号令的要求，审计报告征求意见稿要以审计机关的名义进行。所以在形成审计报告征求意见稿送审稿后，除按审计文书处理程序和规定进行外，还必须在AO系统中得到反映。调用相应模板制作审计报告征求意见书、审计报告、审计决定书、审计业务会议记录，修改后保存至“审计公文”和以被审计单位名字命名的文件夹内，打印送被审计单位征求书面意见。被审计单位书面意见回来以后，审计组需要讨论是否采纳这些意见，根据讨论情况使用AO系统模板形成“采纳被审计单位意见说明”和“审计业务会议记录”，同样要保存至“审计项目文档”和以被审计单位名字命名的文件夹内。提交由审计机关负责人主持召开的审计业务会议审定审计报告，使用AO系统模板制作“审计业务会议记录”。根据审定结果代拟审计报告等相关文书，连同审计资料交由审计机关法制机构复核。依据复核情况对代拟稿再次进行修改形成审计报告等相关文书的送审稿，送审计机关负责人审批。然后使用AO系统模板制作审计报告等相关法律文书，并将其保存至“审计公文”和以被审计单位名字命名的文件夹内。点击“审计台账”——“底稿数据确认”，AO系统弹出底稿数据确认窗体，依据《审计底稿汇总表》、《审计报告》、《审计决定书》对数据进行确认，将数据分别填入审计查出主要问题和审计处理情况内，预览并确定，然后点击“审计台账”——“生成审计台账”，选择台账类型，打开相应台账，填入提交审计报告时间审计单位个数、审计通知书时间及文号，完成“审计台账”，点击左上角的“文件”——“保存”，将此保存至“审计台账”文件夹内，并导出至以被审计单位名字命名的文件夹内，打印送交有关人员。最后点击“准备管理”——“交互管理”，选择“生成项目档案数据包”，打包并导出以项目名称命名的数据包，由此形成了审计电子档案。至此审计工作全部结束。

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