大致推定大多用于过失的证明，较少用于推定加害行为与所生损害之间的因果关系，所以又被称为“过失的大致推定”。日本法上，大致推定理论的固定化和法则化，被认为是受到了美国法上的“事实自证”（如果某种事物本身具有可能招致失败的性质而发生事故，在一定条件下就可以推测因果关系的存在）和德国法上的“表见证明”（如果赔偿权利人所提出的证据，足以使他人给与该证据所给出的第一印象认定待证事实的存在与否，就可以认定因果关系的存在，仅限于认定事实的存否真伪，只需提出反证而非充分的反面证明就可以推翻表见证明）理论的影响。大致推定的地位，居于事实自证理论和表见证明理论之间，就其效力而言，与表见证明理论相近，但就推定的对象而言，又偏向于过失的存否，较接近事实自证。
对于大致推定的性质，学者间存有争议，主要有三种观点，第一种是事实推定说，认为大致推定是以诉讼中已确定的一定事实状态为基础，藉由一般经验判断其为直接经历的事实，即使因果关系的内容不具体，只要加害行为或损害的发生得到某种程度的证实，仍可据以形成因果关系存在的大致充分心证，所以，大致推定实质上是事实推定的一种应用状态。第二种学说是举证责任转换说，此说主张， 大致推定的证明对象，应该是因果关系本身，如果原告就足以推定因果关系的事实尽到举证责任，则法律上的举证责任即应转换由被告负担，被告须就因果关系不存在的事实，负担诉讼上的证明责任。第三种是证明度减低说，该说认为，大致推定与一般事实认定的不同之处在于，大致推定原则并未如事实认定一样要求高度的心证，也就是说，大致推定的确实性应较一般的事实认定为低。第一种学说是目前学说界和实务界的通说。但是，德国法学界的一种有力的理论也认为，其实大致推定理论并非简单的证据评价问题，其功能在于转移举证责任。
在大致推定理论中，最重要的问题就是证明程度。显然，所谓大致推定并非确信或接近确信的程度，所以并不要求能够达到70%、80%或90%那样的高度，但证明程度究竟可以减轻到什么地步或者说被告只需提出什么证据就可以认为大致推定已被推翻，理论界存在较大争议，未有统一认识。值得注意的是，作为减轻原告举证责任之理论，该说与狭义的盖然性说有相似之处，即均不发生举证责任的移转 [5]；但二者也存在差别，大致推定中的推定只是经验法则下的事实推定，即依照经验法则推定因果关系的存在，被告仅需提出足以动摇法官心证的反证即可，或者说，反证达到使案件事实真伪不明的程度时，负担客观举证责任的原告便要提出证据，证明因果关系的存在。而盖然性说中的推定是法律推定，被告非证明因果关系不存在不能免责，两者所要求反证的证明程度是不同的。
（3）间接反证理论
间接反证理论可与盖然性理论作比较。盖然性说，是作为单一的要素把握因果关系这一要件事实，主张对此降低证明的心证程度，或者试图事实上转换举证责任的见解。与此相对，有学者主张通过分析构成因果关系的事实，并把它作为复合的要件事实加以把握，对各个事实分别的考虑证明，于是，出现了间接反证的理论。该因果关系认定方法最初应用于富山痛痛病和新泻水俣病诉讼，后经学者加以理论化。
间接反证原系德国民事证据法上的理论，其含义是指当主要事实是否存在尚不明确时，由不负举证责任的当事人负反证其事实不存在的证明责任理论。因其并非直接对另一方当事人举证事实的反驳，而称为间接反证。对推定予以反驳的方式有两种，直接反证和间接反证。例如，对某主要事实Ａ负举证责任的原告，证明能推定Ａ存在的ａ、ｂ、ｃ三个间接事实，而且根据这些间接事实推定主要事实Ａ被得到证明时，被告却直接针对原告所证明的主题ａ、ｂ、ｃ的存在，并提出其不存在的证据，以阻碍推定Ａ的存在，这叫做直接反证。但是，被告为了阻碍Ａ被原告证明，也可以用其他的间接事实ｄ、ｅ、ｆ来认定Ａ不存在，从证明方法上看，它不是直接针对原告所证明的主题，所以叫做间接反证。在直接反证的情况下，原告欲使法官认定要件事实Ａ存在， 需证明ａ、ｂ、ｃ三个事实，而被告提供的反证只要能够达到使ａ、ｂ、ｃ陷于真伪不明状态即可；而在间接反证的情况下，被告需证明ｄ、ｅ、ｆ三项事实后，才能实现阻却要件事实Ａ被认定的效果。主张在环境诉讼中引入该理论的学者认为，环境污染损害的因果关系因素较多，如果受害人能证明其中部分关联事实，其余部分的事实则被推定存在，而由加害人负反证其不存在的责任。如果加害人不能反证其不存在，则因果关系成立，这样符合法的公平正义精神；间接反证说的意义在于，它根据部分举证事实推定，亦即部分间接推定的理论，认定存在因果关系，从而判决被告对原告的损害赔偿，大大缓解原告的举证困难。
在日本，首采“间接反证法”的是1971年9月新泻地方裁判所作新泻水俣病第一次诉讼的判决，该判决认为：“在公害案件中，例如因化学工业在其企业活动过程中排放化学物质引起多数居民患病的‘化学公害’案件中所发生的争议，涉及到高度的自然科学知识。由此，要求被害人对因果关系的环节一个一个地加以严格地科学解释和证明，无异于完全封闭了以民事审判方式救济被害人的途径。所以，在上述情况下，判断因果关系是否存在，通常只考虑如下几个问题：（Ａ）被害疾病之特性及其原因（病因）物质；（Ｂ）原因物质到达被害人或被害地的途径（污染途径）；（Ｃ）加害企业原因物质之排放（从产生到排放的装置）。……对上述（Ａ） 和（Ｂ）的事实，依据情况、证据的积聚，如果能够就因果关系的科学关联作出没有矛盾的说明，就应当解释为已经证明了法律因果关系的存在。如果上述（Ａ）、 （Ｂ）的举证已经完成，就污染源的追寻而言，显然已经到达了企业的门口，因此，毋宁说，如果企业方面不能证明自己的工厂与污染源无关，即应认为原告已经尽了法律上因果关系的证明，对（Ｃ）的存在作事实上的推定。”从新泻水俣病的判决来看，由于法官根据部分举证事实推定，即部分间接推定的理论，来认定因果关系的存在，同时又在病因方面采纳了疫因学的观点，该种举措大大的减轻了原告的举证责任，受到了学者的赞扬和肯定。
从保持新泻水俣病判决的思考模式同时又扩大其适用范围的角度出发，淡路刚久教授认为，可将公害因果关系的要件事实分解为三部分，第一，损害发生的原因物质及其装置（病因或原因）；第二，原因物质到达受害人或受害人所在地的经过路程（污染路程）；第三，污染企业内原因物质的生成以及排放。在诉讼中，原告只要能证明3要件事实中的任何二者，如能证明第一和第二、第三和第一等，即应推定所剩的另一要件事实是存在的，故可就此对污染事件的因果关系作出决断。
竹下守夫教授对因果关系锁链事实划分的更为精细。其以痛痛病判决和新泻水俣病判决中法院的见解为基础，将公害事件的因果关系分为了5部分主题。首先，将因果关系这一要件事实分解为被告企业的生产过程特定物质的发生（Ａ），向外部的排放（Ｂ），通过媒体的扩散（Ｃ），达到原告的身体、财产（Ｄ），损害的发生（Ｅ）这样的各个事实。接着将Ａ—Ｂ—Ｃ—Ｄ—Ｅ这样的从前者到后者的过程作为一个复合性证明主题加以把握。然后，因为原告对因果关系的存在负有证明责任，所以要对Ａ—Ｂ—Ｃ—Ｄ—Ｅ的过程全体进行证明，但是，这一要求并不意味着原告必须对所有的各个阶段上的事实和过程进行证明，而是原告能证明某事实、过程的存在时，在经验法则上就可以推定其他事实、过程存在，在这种场合下，被告方只要未就存在不能适用经验法则的特别情况进行证明，因果关系就得到认定。
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