马耳他语起源于古代迦太基语（一种闪族语言）9～11世纪，阿拉伯人占领马耳他，阿拉伯语对岛上原有的迦太基语产生巨大影响，形成含有迦太基语成分的阿拉伯语。在此以后的几个世纪，马耳他多次为外来势力所侵占，从意大利语、法语和英语里吸收了大量外来词语，并逐渐脱离阿拉伯语成为一种独立语言。马耳他语使用者可以与北非阿拉伯人作一般交谈，使其在某种程度上仍可被视为一种西部阿拉伯方言。在很长一段时期内，马耳他语只是口头语言，没有文字。18世纪末、19世纪初，马耳他出现了用拉丁字母编纂的第一部马耳他语词典。1934年，马耳他文字形式经过修改定型马耳他语用拉丁字母，但不用Y（y），增加了带点的（G）和（Z）（上部有一点）、不发音的H（h）和在词首不发音但在词尾发音的GH（gh）（h一竖上多一横）等4个字母。
现在马耳他语使用者已越来越少，由于在马耳他说英语被视为有身份的象征，学校也使用英语教学，大部分小孩已经不能掌握马耳他语。
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