湖泊是地面水的主要组成部分，不仅拥有巨大的经济价值，也具有综合性的生态功能。然而，由于以往我们在开发利用湖泊的同时，忽视了对湖泊的保护，致使一颗颗“明珠”蒙上污垢，黯然失色。
从“九五”开始，我国对太湖、巢湖和滇池等富营养化严重的湖泊展开了重点整治。10余年来，湖泊流域各地在污染治理方面做了大量工作，取得了一定成效。但是，和预期目标相比，许多湖泊治理效果还不理想，像太湖、滇池这样的大型湖泊，水环境形势仍然不容乐观。我国湖泊治理依然面临许多问题，诸多困局亟待破解。
以滇池为重点，水域面积在30平方公里以上的阳宗海、抚仙湖、星云湖、杞麓湖、洱海、泸沽湖、程海、异龙湖等九大高原湖泊，是云南重点保护和治理的“九湖”。长期以来，由于过度开发利用，云南人印象中“捧起来就喝，跳下去就游”的湖泊，大多已失去了往日的灵秀与美丽。目前，除了泸沽湖、抚仙湖尚保持地表水Ⅰ类标准，洱海、程海保持地表水Ⅲ类良好水质标准外，滇池、星云湖、杞麓湖、异龙湖、阳宗海均受到了严重污染，为地表水劣Ⅴ类水质。
“其实湖泊之所以出现污染，最根本的原因在于追求粗放式快速经济发展，而如果发展不是建立在科学基础上，带来的结果往往是巨大的资源浪费和大量的环境污染。”谈及湖泊污染的原因，潘纲一语中的。
经济高速发展和快速的工业化进程，使得工业污染日益加剧。以太湖流域为例，在最近20年中，太湖流域经济超高速发展。而在经济高速发展的同时，产业结构也发生了较大变化。在农村社会总产值中，非农产业产值比重急剧上升，到1996年，乡村工业总产值1513亿元，已占无锡市工业总产值的78％。这就意味着大量污染严重、技术含量低的工业企业都转移到了监管薄弱的乡镇地区。虽然从1998年开始，太湖流域大力推进了企业达标排放，但是由于经济高速发展，污染物排放量迅速增加，原来的污染控制措施和能力已经无法满足原定的污染源控制目标要求。
我国湖泊专家、中国科学院南京地理与湖泊研究所副所长秦伯强认为，这就是太湖水环境形势趋于严峻的主要原因。
相关资料显示，湖泊富营养化已成为我国最重要的环境问题之一。2008年环境状况公报显示:28个国控重点湖(库)中，满足Ⅱ类水质的有4个，占14.3％；Ⅲ类的两个，占7.1％；Ⅳ类的6个，占21.4％；Ⅴ类的5个，占17.9％；劣Ⅴ类的11个，占39.3％。主要污染指标为总氮和总磷。在监测营养状态的26个湖(库)中，重度富营养的1个，占3.8％；中度富营养的5个，占19.2％；轻度富营养的6个，占23.0％。一些大中型湖泊的水污染严重，已经失去其资源属性，无法利用，其主要污染指标也是总氮和总磷。
污染物大量入侵，使水质受到严重污染，再加上大肆围湖造田，造成湖泊水面急剧萎缩，使湖泊生态遭受破坏。在污染加剧和开发不当这双重压力下，湖泊已经不堪重负。
“快速的经济发展导致了大量污染物的产生，湖泊也变成了污染物的接纳场所。为了治理湖泊污染，很多地方都采取将湖泊周边企业搬迁出去的方式，但是，如果不将简单的粗放式发展变为科学发展，不从调整优化产业结构入手，而仅仅靠简单地搬迁湖泊周边的污染企业，并不能从根本上解决问题。”潘纲表示。
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