先天性巨结肠的治疗对于痉挛肠段短、便秘症状轻者，可先采用综合性非手术疗法，包括定时用等渗盐水洗肠（灌洗出入量要求相等，忌用高渗、低渗盐水或肥皂水），扩肛、甘油栓、缓泻药，并可用针灸或中药治疗，避免粪便在结肠内淤积。若以上方法治疗无效，虽为短段巨结肠亦应手术治疗。
凡痉挛肠段长，便秘严重者必须进行根治手术，目前采用最多的手术为：①拖出型直肠乙状结肠切除术（Swenson术）；②结肠切除直肠后结肠拖出术（Duhamel手术）；③直肠粘膜剥离结肠于直肠肌鞘拖出切除术（Soave手术）。如患儿发生急性小肠结肠炎、危象或营养发育障碍，不能耐受一次根治手术者，应行静脉补液输血，改善一般情况后再行根治手术，如肠炎不能控制、腹胀呕吐不止，应及时作肠造瘘，以后再行根治术。
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