根据财税[2003]109号文件规定，自2003年1月1日起，对医疗机构有关征免个人所得税问题，按以下规定执行：
　　1．财政部、国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》(财税[2000]42号)规定的对非营利的医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入免征各项税收，仅指机构自身的各项税收，不包括个人从医疗机构取得所得应纳的个人所得税。按照《个人所得税法》的规定，个人取得应税所得。应依法缴纳个人所得税。
　　2．个人因在医疗机构(包括营利性医疗机构和非营利性医疗机构)任职而取得的所得。依据《个人所得税法》的规定，应按照“工资、薪金所得”应税项目计征个人所得税。
　　对于非典型肺炎疫情发生期间，在医疗机构任职的个人取得的特殊临时性工作补助等所得，按照《财政部、国家税务总局关于非典型肺炎疫情发生期间个人取得的特殊临时性工作补助等所得免征个人所得税问题的通知》(财税[2003]101号)的规定执行。
　　3．医生或其他个人承包、承租经营医疗机构，经营成果归承包人所有的，依据<个人所得税法》规定，承包人取得的所得，应按照“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”应税项目计征个人所得税。
　　4．个人投资或个人合伙投资开设医院(诊所)而取得的收入，应依据《个人所得税法》的规定，按照“个体工商户的生产、经营所得”应税项目计征个人所得税。 青年人网伴你同行
　　对残疾人、转业军人、随军家属和下岗职工等投资开设医院(诊所)而取得的收入，仍按现行相关政策执行。

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