一、问题
　　（一）增值税的征收范围过窄，在税制结构和管理万面存在的问题
　　1、货币运输收入没征增值税而征了营业税，其实质是对增值税制体系的割裂。因为货物运输是货物生产流通的中介环节，在这个环节不征增值税而征营业税，人为地割断了增值税专用发票链条式管理的税制体系。运输单位购进的配件、修理支出、燃料费用等均属于投入物，本身都负担了增值税，且对运费部分国家也作了准予抵扣10%的规定，而对运费国家只征收3%的营业税，从这个角度看，国家是征了税还是退了税都很难说。作为缴纳增值税企业，对运输费用只扣10%的增值税是扣除不到位，加重了企业增值额的税负，显然，从税制的角度讲，不合理的因素已显而易见。从管理角度来讲，由于运输费用和货物价格划分清，也给税务机关带来了很大的麻烦，尽管国家作了混合销售行为的征税规定，但实际中是很难划分的，作为纳税人来说无论按照一般纳税人计算的税负，还是按小规模纳税人计算的税负，都比营业税计算的税负重要，加之增值税和营业税分别由国税、地税两个税务执法部门分别管理，使国地税两家在这个问题上产生扯皮现象，其实质不是国税、地税两家的问题，而是一个税制问题，只有彻底改革税制才能彻底解决这个问题。
　　2、建筑业应列入增值税的征税范围。建筑业消耗着大量的建筑材料，而这些建筑材料在我国都属于应征收增值税的货物，只有把建筑业列入增值税的征税范围，才有利于国家对建筑材料销售单位的税收管理，减少销售建筑材料而造成的税收流失。
　　（二）抵扣范围方面的问题
　　目前，我国采用生产型增值税，固定资产的进项税额不能抵扣，这对加强控制固定资产投资规模，避免给财政宏观财力平衡造成过大压力，是有积极意义的；但是，生产型增值税使得生产成本中的增值税抵扣不彻底，导致重复征税及税负分配不均问题较为突出，具体表现在：
　　1、产品价格部分含税，不利于产品的公平竞争。由于外购固定资产所含的增值税不能抵扣，因此产品成本中包含了这部分不能抵扣的增值税。由于行业间的资本有机构成不同，设备的先进性及所含的价值不同，因此体现在产品成本中含税程度也不一样，含税越高，竞争力越差，增值税中性原则没有得到彻底贯彻。这点也不利于我国产品在国际市场竞争和我国外贸的发展。
　　2、资本有机构成高的行业实际税负高，不利于高科技产业及基础产业的发展。从实际情况看，高科技产业和基础产业因资本有机构成较高，产品成本中固定资产投入的比重较大，按目前生产型增值税征税，由于可抵扣的进项税额少，这些企业所承担的实际税负要高于一般企业。这样的税负结构不利于高科技行业及基础产业的发展，不利手加速企业的设备更新和技术进步，其结果将会加剧我国产业结构失衡。
　　3、增加税收抵扣的复杂性，不符合税收的效率原则。由于资本性支出的进项税款不能抵扣，在抵扣过程中，要划分资本性支出和非资本性支出，直接的资本性支出不能作进项税款抵扣；还要划分固定资产在建工程的范围，凡属固定资产在建工程范围（包括固定资产大修理、新建、改建、扩建、修缮、装饰建筑物等）耗用的货物和应税劳务，不论其会计制度规定如何处理，购入时其己抵扣的税金，要转作在建工程的成本；此外原材料的运输费用可以按规定的扣除率作为进项税款抵扣。实行生产型增值税带来进项税款抵扣的复杂性，势必造成计算上的漏洞，给征收管理带来困难。
　　（三）小规模纳税人的增值税征收率问题
　　1、小规模纳税人的税负不是以增值额计算的税负，征收时不分生产和流通都按6%征税，购进投入物不能扣税，价格中到底包含了多少税金谁也说不清楚，生产货物不同，投入物也不同，成本中所含的税金自然不同，而且小规模纳税人生产的货物无论经过几个生产环节，包括经过批发、零售两个环节进入消费，都要按6%计算征税，这样的重复征税行为和过去的产品税、营业税一样发生了多环节、多次征的重复征税问题，它实质己不是增值税，而成为销售税。
　　2、税率和征收率不同，产生了增值税不含税价格的扭曲，同样的货物，同样的价格（指含税价，也是消费者见面价），而在征税时的计税价格（指不含税价）却不同，每100元收入（含税收入）征税时，一股纳税人计算的不含税价为85.47元，而小规模纳税人计算的不含税价为94，34元。增值税采用的是发票扣税制的办法，一般纳税人花100元钱购买投入物，成本负担85.47元，可以作为进项税额抵扣的税款是14.53元，如果花100元购进小规模纳税人的货物作为投入物，成本则应负担94.34元，只能抵扣5.66无的税款，同样的投入，则成本负担耍多8.87元，投入物成本提高10.38%.投入物成本提高，相对便增值额降低，而产品出售后还要多交税款10.38元，这样迫使一股纳税人不去购买小规模纳税人的货物，致使两种纳税人双方的业务范围都受到很大限制，这是人为地割断了各种经济主体之间的业务往来，成为阻隔小规模纳税人和一股纳税人经济交往的壁垒，不利于市场经济形势下统一市场的形成，更不利于公平竞争。
　　（四）税负之间的关系以及免税货物的税收处理问题
　　1、我国基本税率为17%，低税率定为13%，由于纳税企业购进投入物的交叉，纳税人则出现了高征低扣和低征高扣的问题。这两种情况无论是哪种情况，其货物销售后纳税人直接交纳的税款和自身的增值额相比较，都不是国家规定的税收负担。比如其100元收入额中：低税率13%的投入物占到33%，基本税率17%的投入物占到33%，增值额占到34%，在其货物适用17%的基本税率的情况下，其应交纳的增值税等于7.10元。那么，这个税负就占到增值额的20.88%.反过来说，其货物适用税率如果适用13%的低税率，其应征增值税就等于3.10元。那么，这个税负仅占到增值额的9.12%.如果按增值额计算税收负担作比较，两者税负相差要达到一半以上，很明显，这样做实际只体现了货物在最终消费时货物本身整体税负的平衡，而忽略了生产环节生产者自身税收负担的平衡。国家对部分货物和行业采用低税率，体现国家对本货物和本行业给予的税收照顾，所以不应该把低税率而少负担的税收往下一个生产或经营环节转移，而应该彻底地在适用低税率环节一次性处理清楚，使下一个生产环节或者经营环节不受影响。这就是说，国家可以只设计一个基本税率，而对于应该适用低税率的货物和行业另外规定一个照顾扣除比例。
　　2、国家规定的免税货物，在规定环节免征增值税，而有些免税货物作为原辅材料进入企业的生产经营成本（主要体现在免税农产品），生产出的货物又不是免税货物，所以这些免税货物在新货物售价中又视为增值额由生产企业重新交税，国家己经免去的税款又由新的生产企业补交。商业流通企业购进免税农业产品，在出售时把购进原价作为增值额再交增值税，也是把免去的税款由商业企业补交。使得商业企业的售价比收购价高得多，造成农业生产者心态不平衡，不利于国家组织收购农业产品，反而使其它一些农业产品经销商（指非一般纳税人）钻了空子，提价收购，压价销售，以税转利。国家虽然规定了收购免税农业产品按10%扣税，但仍存在扣税不到位的问题。如棉纺织企业和缫丝企业其增值部分直接负担的税款耍达到25一30%，商业企业增值部分直接负担的税款要达到20一25%，这些都充分体现出新增值税规定的免税，是对前者的优惠照顾，而实际形成了对后者的打击和歧视，是很不公道的。
　　（五）减免及优惠万面的问题
　　1、优惠措施过多过乱。现行的减免税从减免对象看，有按货物划分的，有按生产流通环节划分的，也有按经济性质和销售对象划分的；从优惠减免的实施办法看，有直接减免的，有“先征后通的”，还有“先征后退”的。而且大多数优惠政策属照顾、过渡性质，没有很好地体现政府的产业政策导向。同时，优惠政策增加了增值税征收管理的操作难度。
　　2、优惠措施防碍了增值税“链条”作用的发挥，增加了扣税环节中的矛盾和问题。当免税货物进入应税环节时，由于无进项税款可供抵扣，使该应税环节税负加重。同时以前环节已交纳的增值税无法抵扣，又会造成重复征税。当应税货物经过减免环节最后用于出口时，则免税环节前的已征税款无法计算退税，造成退税不彻底。
　　（六）发票及其征管万面的问题
　　1、专用发票存在不规范使用及非法使用的问题。由于我国首次在采用凭专用发票扣税过程中出现不少错用、乱用发票等情况，也有一些地方税务部门及税务人员采取“高开低征”的办法，或借此促销本地货物，保护地方利益：或借此以权谋私。更有些单位采用“虚开”和为无专用发票单位“代开”增值税发票、偷逃税款。
　　2、专用发票的稽核问题。专用发票的稽核作为扣税前的重耍一环是一项十分细致深入的工作，必须借助先进的计算机管理网络及既有税务征管经验又有计算机操作经验的人才才能实现。而目前税务部门这两方面的软硬件都很缺乏，造成稽核流于形式，碰到经过多环节转手的增值税发票，根本无法稽核其源头。由于专用发票是扣税的唯一凭证，其“含金量”非同寻常，应有一套严密的管理制度相适应。但从现状看，专用发票被盗、骗购、倒卖等不法行为屡有发生。这些非法获取的增值税专用发票被大量虚开、代开，从而扰乱了增值税征管链条，造成税款大量流火。

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责任编辑：虫虫