其一，对于闲置土地（或者虽然未经国土资源管理部门认定为闲置土地，但依据《闲置土地处置办法》的规定，土地涉嫌闲置的），土地储备机构不应直接进行收购。闲置土地属于违法用地。而土地收购是通过有偿方式终止土地使用权，这就可能使闲置土地使用权人逃避因闲置土地而受到相应处罚。此外，如果直接对闲置出让土地进行收购，会导致闲置土地使用权人有意规避二级市场转让审批。
其二，对于经依法接受处罚，但尚未达到法律规定的无偿收回土地使用权条件的闲置土地，土地储备机构可以对其进行收购，但应合理确定收购补偿价格。经过处罚的闲置土地，如果由于各种原因土地使用权人无法继续开发建设，土地储备机构通过土地收购的方式将闲置土地纳入政府储备，重新安排使用，有利于集约利用土地。
具体做法是：1．土地储备机构对申请土地收购的土地进行审查，涉嫌土地闲置的，建议转国土资源监察部门进行审查。2．国土资源监察部门认为闲置用地符合依法收回条件的，由其作出处罚决定，并报有批准权人民政府批准。国土资源监察部门做出其他处罚决定但未决定收回使用权的，闲置土地使用权人对处罚决定履行完毕后可重新申请土地收购。3．土地储备机构确定收购补偿价格，签订土地收购合同，并报有批准权人民政府批准。
其三，对于依据上述程序收购闲置土地，收购补偿价格的确定。笔者认为，确定闲置土地的收购补偿价格，在土地评估过程中应当从成本角度考虑四个方面的因素：1．土地使用权人取得该土地使用权时发生的有关费用。2．土地使用权人取得土地后有关基础设施建设的投入成本。3．土地使用权在规定的开发建设期内的增值收益。4．出让土地还应考虑使用权的剩余年期。另外，闲置用地使用权人不应享受超出规定开发建设期的土地增值收益和因规划调整带来的土地预期收益。
其四，收购闲置土地，应当充分考虑土地他项权利人的合法权益。在闲置土地处置过程中，经常出现的情况是，土地已构成闲置，同时又存在抵押、查封等他项权利限制。闲置土地使用权人申请土地收购的，应取得他项权利人的同意。
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