土地登记机关主要是各级土地行政管理部门。就现有法律规定而言，土地登记机关和房产登记机关乃至其他不动产登记机关的职能，需进一步协调。我国担保法而言，第42条规定了4个不动产登记部门。《城市房地产管理法》第60条规定了两种截然相反的登记程序，即：“在依法取得的房地产开发用地上简称房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房地产管理部门申请登记…；房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。”就是说，开发用地建成房屋的，先凭土地证办理房产登记；转让房地产的，则先办理房产登记后办理土地登记。登记程序的不协调，加上土地部门和房产部门工作中相互不配合，造成了实践中很多难以解决的问题。例如在办理了房产证以后，因土地权属或土地侵权纠纷使房屋下的土地处于争议状态，房屋所有权人将房屋转移出去，受让人办理了房产变更登记手续，取得房产所有权证书，新的房产所有人将房产再次转让，新的受让人依据法律可以再次获得房产证书，如此进行下去，就使作为房产基础的地产权属争议确定之前的空当，房产能“合法”地流转，将地产登记的管理行为架空。由此，使人们滋生出这样一种观念，有了房产证就有了一切，地产证无关紧要。实践中的很多房主确实只有房产证，而无地产证。
房地产登记机关不能统一，主要是旧的行政管理体制所致。自1956年起土地权利退出财产法的范畴，直到1988年之后才又重新进入财产法范畴，而此时，房屋产权、林地产权等已经纳入了财产法，并且先于土地登记建立了各自的登记制度。这种状况既不符合法理，也不符合国际惯例。在当今世界，凡建立不动产登记制度的国家和地区，不论这种登记被称为土地登记还是被称为不动产登记，总是在一个机构进行的。首先，土地及其地上物在物理属性上的不可分性决定了不动产登机关应当统一；其次，不动产登记机关的统一性已成国际惯例。在实践中，当国土局和房管局分别对地产和房产进行登记时，不但会增加当事人的费用支出，而且会出现同一项动产中的房屋所有权和土地使用权在生效时间上不同，从而可能会损害当事人的合法权益。登记机关的统一的前提条件是登记客体关系的理顺。在登记的客体上应明确土地的附着物与土地一并登记。按照附着物随地走（包括房随地走）的原则，一并登记，登记的证书是一证，而不是两证或多证。
除此以外，土地登记还应该在以下方面加以完善：登记程序作出具体规定，严格登记程序，建立土地登记文件公开查阅制度；登记责任做具体的规定，包括责任人责任的追究，对权利人损失的赔偿等。
责任编辑：sealion1986
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