传染病的病原体种类繁多，包括病毒、立克次体、细菌、寄生虫等。不同种类和型别的病原体其病原学特性殊异，因而引起的传染过程也颇有差异。要掌握传染病流行病学，则需知清楚病原体的特征。详细阐述各种传染病病原体的特性，并非本学科范围。若有需要，可参见微生物学、寄生虫学、病毒学及免疫学教科书或专著。
病原体经一定的门户侵入宿主的机体，并在机体内有恒定的定位，定位在一处或多处。然后开始发育繁殖。按照感染的先后，定位部位又可以分为原发定位和继发定位。如脑膜炎双球菌的原发定位在鼻咽粘膜，继发定位在血流和脑膜。能够排出大量病原体的定位，称为特异性定位，它对疾病的传播有较大意义。
测量病原体对机体感染的程度的指标，一个称为致病力，即病原体引起宿主的患病能力。以病原体引起疾病的具有临床症状的病例数与暴露于感染人数之比作为测量某病原体致病力的指标。一个称毒力，表明疾病严重程度，以严重病例数或致死数与所有病例数之比作为测量某病原体毒力的指标。有些病原体可在实验室的条件下使之减毒，用以制备活毒疫苗，例如脊髓灰质炎疫苗。传染力是指病原体在宿主机体内定居、繁殖，引起感染的能力。某病原体的感染量是指引起易感机体感染所需的最小剂量。感染量随病原体而异，如痢疾杆菌只需5～10个即可引起易感者感染，而伤寒杆菌则需要105个，后者比前者大得多。
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