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（一）AB0抗原系统
ABO血型系统也是主要组织相容性抗原。ABO系统的抗原不仅存在于红细胞，亦存在于血管内皮及其他组织细胞表面，当供者与受者的ABO血型不符时，移植物的血循环重建后会即刻导致严重的排斥反应而使移植失败。但是ABO血型只有4种主要类型，容易检测也容易配型。在进行器官移植时，力求供受体间ABO血型的一致。ABO血型抗体系天然抗体。其他血型物质也可以构成触发移植排斥反应的靶抗原。
（二）组织特异性抗原
是一类特异地表达于各种器官、组织、细胞上的抗原系统。其作用越来越受到关注，但研究不够，未作为配型的必要项目。目前，已被关注的组织特异性抗原有：血管内皮细胞特异性抗原、肾特异性抗原、肝脏特异性抗原等。
