潜伏期（incubation period）是指病原体侵入机体到最初出现症状和体征之间的这段时期。各种疾病的潜伏期长短不一，短者数小时，长者可达数月或数年。如禽类禽流感的潜伏期从几小时到数天，最长可达21天。人类患上禽流感后，潜伏期一般为7天以内。非典型性肺炎的潜伏期一般在4-10天，临床报告最短病例为1天，最长有20天，甚至有极个别病例达到28天。一般认为潜伏期长短与感染病毒的种类或者型别、病毒的致病性、病毒的数量、感染途径、被感染机体的免疫力以及其他非生理因素等有关。比如艾滋病病毒，经输血感染的剂量一般较大，所以潜伏期相对较短，而性接触感染艾滋病病毒的剂量较小，因此潜伏期相对较长。HBV感染后的潜伏期一般为20天至6个月，也有报道28－160天，平均70－80天；HCV感染后临床表现一般较轻，常为亚临床型，但输血后感染的潜伏期一般为20天到6个月，也有资料报道2－26周，平均8周；HIV感染后1到2个月内可能出现急性的症状和体征，随后进入较长期的无症状期，持续6－15年，平均8－10年，大量输血的可缩短至1－5年。梅毒的潜伏期一般为2－4周。
窗口期（window period）指的是病毒感染后病毒出现在血液中直到可以检出足够多的相应病毒标志物（抗原或抗体）前的时期。在这段时间内，血清中无相应的抗原抗体标志物。各种病毒的窗口期是不一样的，一般所称的窗口期指的是检测到病毒抗体的时间，但抗原以及核酸检测同样存在窗口期，但时间大大缩短。HBV、HCV、HIV的窗口期的时间分别为56、70和22天，P24抗原的窗口期平均为15天，而应用核酸技术，可分别将HBV、HCV、HIV的窗口期缩短为41、12、11天。相信随着检测的病毒标志物的不同，检测技术的提高，试剂的更新换代，灵敏度的提高，可大大缩短窗口期时间。
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