Com a Independência, é elaborada a “Tabela de Nova Organização, que transforma o 3º Regimento de Fuzileiros da Corte, em 4º Batalhão de Caçadores, com sede no Rio de Janeiro.
Em 1824, eclode, em Pernambuco o movimento republicano, separatista, conhecido como a “Confederação do Equador”. Para combate-lo, parte do Rio de Janeiro a 3ª Brigada de Infantaria, sob o comando do Brigadeiro Francisco de Lima e Silva (pai do Duque de Caxias). Integrando esta Brigada, lá estava o 4º Batalhão de Caçadores.
No ano seguinte, vamos encontrar o 4º Batalhão, agora de Infantaria Ligeira, participando da guerra contra a Argentina (1824-1828), onde destacou-se de maneira marcante no combate de Passo do Rosário, retornando para o Rio de Janeiro somente em 1832.
Novas denominações foram sendo dadas a esta unidade. Em decreto de 2 de agosto de 1832, passa denominar-se 2º Batalhão de Caçadores, em 19 de abril de 1851, passa a ser o 10º Batalhão e no ano seguinte, em 30 de setembro, denominar-se-á 9º Batalhão de Caçadores, com sede em Recife.
Ao deflagrar-se a Guerra da Tríplice Aliança, o 9º Batalhão segue para o teatro de operações, integrando a 9ª Brigada de Infantaria. Permaneceu no teatro de operações por cinco anos, participando de inúmeros combates onde sempre foi destaque. Na Batalha Naval de Riachuelo, combateu como tropa embarcada. Prosseguiu combatendo em: Potrero Obella, Tayi, Estero Bellaco, Piquiciri Avai onde tombou seu comandante, o Tenente-Coronel Francisco de Lima e Silva, atual Patrono do 62º Batalhão de Infantaria, de Joinvile. Assume, então, o comando do Batalhão o Major Floriano Vieira Peixoto, futuro Presidente da República. Sob este comando, o 9º Batalhão participou dos combates de Lomas Valentinas, Itá-ibaté, Angostura, Peribebui, Campo Grande e por fim esteve presente em Cerro Corá, onde tombou o Marechal Francisco Solano Lopes, Presidente do Paraguai, dando fim a guerra.
O 9º Batalhão, retorna ao Brasil, em 1870, tendo como destino Recife. Agora com a denominação de Batalhão de Infantaria Ligeira. Permanece na guarnição até 1888, quando é transferido para Salvador, na Baía, com a denominação de 9º Batalhão de Infantaria (Dec 10.015, de 18 de agosto de 1888).
É este 9º Batalhão de Infantaria que, nos idos de 1896-1897, participou ativamente de todas operações contra a Insurreição de Canudos, no sertão baiano. Uma sua Companhia, sob o comando do Tenente Manoel da Silva Pires Ferreira constituiu a 1ª Expedição, travando encarniçado combate corpo-a-corpo com os jagunços, em Uauá, em 21 de novembro de 1896. Contribuiu com a maioria do efetivo da 2 ªExpedição, sob o comando do Major Febrônio de Brito. Eram ao todo 500 homens armados de Camblain e Manlinchen, mais dois canhões Krupp e duas metralhadoras Nordenfeldt, que enfrentaram os insurretos no combate de Mulungu, por cinco horas, e no dia seguinte foram levados a enfrentar cerca de 4.000 jagunços dos quais 800 ficaram no campo de batalha.
Um mês depois, retorna o 9º Batalhão de Infantaria, agora com todo o seu efetivo, sob o comando do Coronel Tamarino, integrando a Brigada do Coronel Antônio Moreira Cesar. Constituindo a ala direita da Brigada, o 9º Batalhão investe contra Canudos. Lamentavelmente, após sete horas de combate encarniçado, tomba mortalmente ferido o Coronel Moreira Cesar, tendo o Coronel Tamarino assumido o comando das operações. No dia seguinte, após violento ataque dos insurretos é ordenada a retirada. Uma massa humana investe contra o 9º Batalhão e a retirada resulta em uma desastrosa debandada. O Coronel Tamarino cai ferido. É aprisionado, empalado e degolado pelos jagunços.
Os insucessos do 9º Batalhão foram conseqüências do pouco caso que o Império tinha com suas Forças Armadas, após a Guerra da Tríplice Aliança, deixando-as sucateada, mal armadas e mal equipadas. As reformas do início da república não chegaram a sanar estas deficiências.
Apesar do insucesso do Coronel Tamarino, nas operações do cerco final a Canudos lá estava, o 9º Batalhão, combatendo até a vitória final.
Na grande reestruturação do Exército, em 1908, foram reunidos sob a denominação de 5º Regimento Infantaria, os efetivos do 9º Batalhão de Infantaria, da Bahía, três Companhias do 33º Batalhão de Sergipe e mais três do 35º do Pauí. Sua sede passou a ser Porto União, em Santa Catarina, sendo ano seguinte transferido para Ponta Grossa, no Paraná.
Por ocasião da Campanha do Contestado (1912 – 1916), o 5º Regimento esteve sempre presente. Sob o comando do Coronel Sebastião Basílio Pyrrho, constituiu a base da expedição mandada para aquela região, logo após o fracasso do Regimento de Segurança Pública do Paraná, diante dos jagunços do “monge” José Maria. Participou ainda das expedições de dezembro de 1913 e de 1914. Nesta última juntamente com os 4º e 6º Regimentos de Infantaria e mais o 54º Batalhão de Caçadores.
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