南昌航空大学坚持发展工科优势学科和航空特色专业。现有材料加工工程、测试计量技术及仪器、环境工程、航空宇航制造工程、材料学、控制理论与控制工程、光学工程、思想政治教育、材料物理化学、计算机应用技术等 10个江西省重点学科和航空宇航制造工程1个江西省重中之重学科及环境工程1个国防重点学科;无损检测技术教育部重点实验室、国防科工委轻合金加工科学与技术国防重点学科实验室、中国航空科技航空检测与评价重点实验室、中国航空科技航空材料热加工重点实验室、江西省材料科学与工程研究中心、江西省高校腐蚀与防护重点实验室、江西省测试技术与控制工程研究中心、江西省高校思想政治理论课教育教学研究中心、江西省快速成型生产力促进中心等 9个省(部)级重点实验室(研究中心);江西省计算机与信息技术产学研合作示范培育基地、江西省材料科学与工程产学研合作示范培育基地、国家体育总局体育文化研究基地等3个省级重点基地;金属材料工程、测控技术与仪器和电子信息工程3个国家级特色专业;金属材料工程、测控技术与仪器、材料成型与控制工程、环境工程、电子信息工程、机械设计制造及其自动化、电子科学与技术、自动化、飞行器制造工程、计算机科学与技术、英语、经济学等12个省级品牌专业和飞行器制造工程、光学工程2个国防重点建设专业; 环境工程、电子科学与技术、飞行器制造工程、计算机科学与技术等4个省级特色专业。金属材料工程专业教学团队、无损检测技术教学团队、工程训练中心教学团队、应用化学专业教学团队等4个省级教学团队。学校还建有工程训练中心和大学物理实验中心等2个国家级实验教学示范中心建设单位和8个省级实验教学示范中心。
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