三、承包人未移交全部工程资料，发包人是否可以此作为逾期支付工程款的抗辩理由
现实中有承包人为了促使发包人支付工程款，有不交付部分工程资料以作为催讨工程款筹码的情况，在仲裁中，发包人则会以承包人未交付完整的工程资料作为其拖欠工程款及应负违约责任的抗辩。这种抗辩理由是否成立。
我们认为：如果未交的资料影响到工程结算，发包人以结算条件尚不成就为由拒付相应款项的抗辩可以成立。但在工程价款已经确定或可以确定的情况下，发包人不得以资料未全部交付为由对应付工程款行使先履行或同时履行抗辩权。理由是工程进度款的支付是发包人的主给付义务，而工程资料交付是承包人的从给付义务，发包人不得以承包人未完全履行从给付义务而作为延期履行主给付义务的抗辩理由。但是如果因承包人不交付工程资料给发包人造成损失的，发包人可以要求赔偿，如导致工程竣工备案、办证迟延等造成的损失。
财政部 建设部关于印发《建设工程价款结算暂行办法》的通知 第十六条第二款 承包人如未在规定时间内提供完整的工程竣工结算资料，经发包人催促后 14 天内仍未提供或没有明确答复，发包人有权根据已有资料进行审查，责任由承包人自负。
第九条 当合同规定的调整合同价款的调整情况发生后，承包人未在规定时间内通知发包人，或者未在规定时间内提出调整报告，发包人可以根据有关资料，决定是否调整和调整的金额，并书面通知承包人。
四、承发包双方另订合同的何种情况属于对 备案中标合同实质性的变更，两份合同 (简称黑白合同)对价款的约定不一，应以那份合同为结算根据
《招标投标法》第 46条规定： “ 招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议 ” 。该规定在法律分类上为禁止性规范，如果违反则为无效。那么何种情况属于背离合同的实质性内容，招标投标法没有明确规定。从总体上来说，实质性的内容主要是指工期、质量、造价。其它方面要看招投标文件的具体内容及另行订立的协议是否涉及设计变更等情况判断。
根据最高人民法院关于审理建设工程施工合同案件适用法律问题的解释第二十一条规定，中标备案合同与另订协议约定的工程价款不一致的 ， 工程款的结算应以中标合同为准。虽然双方的真实意思表示和实际履行是另行订立的协议 (合同)，中标合同只是为了应付备案，但因这种协议(合同)违反招投标法的强制性规定，应属无效。
《招标投标法》 第四十六条 招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。
最高院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释 第二十一条 当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
五、 发包人以工程质量问题为由对承包人要求支付工程款提出抗辩时，如何划分工程质量问题和保修的范围 在现实中，承包人申请要求发包人支付工程欠款，而发包人常以承包人施工的工程存在质量问题提起反请求以对抗承包人的申请。属于工程质量问题的，对发包人的反请求应当支持，属于保修问题的应当按照合同约定的保修规定处理，发包人不能以此为由拖欠工程款。因此需要界定发包人所提的质量与保修的范围问题。就大概念上来说保修的问题也属质量的范畴。但 鉴于建筑工程产品与其它产品的不同，有关规定所指的工程质量通常是指存在于地基基础和主体结构方面，以及严重影响使用的情况，而一般的问题则属于工程保修的范围。司法实践中通常以是否 通过竣工验收或有否实际投入使用作为区分质量与保修两者的界线。 在工程通过竣工验收后出现的问题，一般应属于保修的范围，在保修期内承包人应当负修理责任。发包人以属于保修范围的问题来对抗发包人请求支付工程款的，不能支持。但如果提出的 质量问题涉及 地基基础、主体结构以及严重影响使用 并有相应证据的，应当通过鉴定确定。
最高院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释 第十三条 建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。
最高院关于审理商品房买卖合同案件的司法解释 第十二条 因房屋主体结构质量不合格不能交付使用，或者房屋交付使用后，房屋主体结构质量经核验确属不合格，买受人请求解除合同和赔偿损失的，应予支持。
第十三条 因房屋质量问题严重影响正常居住使用，买受人请求解除合同和赔偿损失的，应予支持。
交付使用的房屋存在质量问题，在保修期内，出卖人应当承担修复责任；出卖人拒绝修复或者在合理期限内拖延修复的，买受人可以自行或者委托他人修复。修复费用及修复期间造成的其他损失由出卖人承担。
六、发包人在合同规定的结算时间内对承包人提交的决算报告不予答复，能否认定视为认可承包人的竣工结算 此问题的提出在于有关部委行政规章的规定与最高人民法院的司法解释不一致，且有关规章的规定是在最高人民法院的司法解释后，在规定不一的情况下，有一个如何理解和适用的问题。我们先来看一下有关规定：
1、二 00 一年十二月一日起建设部 《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》 ( 第 107 号令 ) 第十六条（二）规定：发包方应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复。逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可。
2 、二 00 四年十月二十日 建设部、财政部财建 [2004]369 号 《建设工程价款结算暂行办法》 第十六条规定：发包人收到竣工结算报告及完整的结算资料后，在本办法规定或合同约定期限内，对结算报告及资料没有提出意见，则视同认可。
3 、二 00 四年九月二十九日由最高人民法院审判委员会第１３２７次会议通过，二 ○○ 四年十月二十五日公布，二 00 五年一月一日起施行的最高人民法院 《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》 第二十条规定： 当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
4 、2004 年 10 月 29 日国务院办公厅国办发（ 2004 ） 78 号文转发建设部、发展改革委员会、监察部、司法部、财政部、劳动保障部、铁道部、交通部信息产业部、水利部、人民银行、审计署、民总局、统计部、银监委、保监委《关于进一步解决建设领域拖欠工程款问题的意见》第（十七）规定，工程竣工后，建设单位和施工企业要按照《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》和 《建设工程价款结算暂行办法》等有关规定，进一步规范建设工程价款结算与支付行为，在工程竣工验收备案时，建设单位应提交按合同约定支付工程款的有关凭证，达不到合同约定比例的，建设行政主管部门不予办理竣工验收备案。
显然，上述建设部、财政部、国务院办公厅转发 15 个部委文件的规定与最高人民法院的司法解释并不一致。按照我国法律之间效力位次的规定，司法解释是对适用法律的解释，可以说是法律的规定，而建设部财政部、国务院办公厅转发 15 个部委的规定，履于行政规章，行政规章的效力低于法律规定的效力，因此，无论其规定实施的时间是否晚于司法解释，应当适用最高人民法院的司法解释。 如果合同中没有关于 发包人在合同规定的结算时间内对承包人提交的结算文件 不予答复 视为认可的 约定，就不能认定发包人认可承包人的结算文件。
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